Należy użyć preferencji katalogu do określenia katalogów wykorzystywanych do przechowywania zaimportowanych baz MIB, danych MIB oraz wyeksportowanych plików reguł.
Aby ustawić preferencje katalogu, należy kliknąć opcję 
Preferencje lub wybrać z menu opcję , a następnie z panelu po lewej stronie okna Preferencje kliknąć opcję Katalog.
- W polu Katalog danych należy określić miejsce, gdzie będą zapisywane zaimportowane bazy MIB jako pliki XML. Położeniem domyślnym jest NCHOME/omnibus/var/mibmanager/data.
- W polu Katalog eksportu należy określić miejsce, gdzie są generowane wyeksportowane pliki. Utworzony zostaje podkatalog w oparciu o typ eksportowania. Położeniem domyślnym jest NCHOME/omnibus/var/mibmanager/export.
- W polu Katalog importu należy określić miejsce, gdzie znajdują się zaimportowane pliki MIB. Położeniem domyślnym jest NCHOME/omnibus/var/mibmanager/mibs.